A Glenkinchie Distilleryt alapító Rate-fivérek 1825-ben vágtak bele a whiskykészítés nagy kalandjába. Ekkor nyitották a Milton szeszfőzdét, és a korábbi illegális lepárlás helyett Rate-ék a törvényes utat választották.

Egy kicsivel később, 1837-ben építettek egy korszerűbb, jelentőségteljesebb lepárlót a Milton területén, az új üzemet pedig már Glenkinchie Distillerynek nevezték. A Kinchie név az ősi források szerint a de Quincey névből származik. A De Quincey-k birtokolták eredetileg a lepárló területét, és az egyik ősük volt a kultikus Thomas De Quincey, Az angol ópiumevő vallomásai című híres regény szerzője. A Glenkinchie Distillery karrierje elég komor fordulatot vett: 1853-ban már csődbe is ment, és a létesítményt fűrészteleppé alakították. (Ezeket az ideiglenesen leálló, később azonban újra aktivizálódó distilleryket nevezik „csendes lepárlóknak”).

Csaknem három évtizedes csönd után 1881-ben indult újra a termelés a Glenkinchie üzemében. Edinburghi befektetők, sörfőzök, blendelők és borkereskedők egy lelkes csoportja felfigyelt a blendelt whisky iránti érdeklődésre. James Gray őrnagy átvette a Glenkinchie lepárló irányítását, és 1890-ben jelentősen kibővítette az üzemet. Üzleti partnereivel együtt igazi gépesített lepárlót varázsoltak belőle,  ami jelenlegi formájában is ekkora méretben és kapacitással működik. A Glenkinchie Distillery ennek a rafinált befektetői csoportnak köszönheti az üzemben használt ötletes keverőkarokat és a saját vasúti vágányokat is, amelyek jelentősen előrelendítették a minőségi whisky készítését és annak értékesítését.

1914-ben a Glenkinchie egyesítette az erőit a Lowland whiskyrégió nagy lepárlóival, a Rosebankkal, a St. Magdalene-nel, a Grange-el és a Clydesdale-lel, együtt hozták létre a Scottish Malt Distillerst. És még nem volt vége a bővülésnek: a Scottish Malt Disitllers egyesült a DCL-lel, és kialakították a skót whisky legerősebb konzorciumát, ez a szövetség fejlődött később a Diageo óriásbrandjévé. 

A Glenkinchie Distillery még a második háború idején sem szüneteltette a termelést, amiben egyedülálló a kortárs skót lepárlók között.

A Glenkinchie 1968-ig nyitott kapukkal várta az érdeklődőket, a vállalat épülete azóta viszont múzeummá alakult,  és rengeteg értékes eszköz látható a századelő whiskykészítési eszközeiből. 1998-ban jelent meg a Glenkinchie Disitllery single maltja, amelyet bekerült a Diageo Classic Malt válogatásába, a Lowland-i whiskyrégió régió képviseletében (és ezzel a Glenkinchie nagy riválisát, a Rosebanket is megelőzte). A Glenkinchie 2007-ben dobta piacra a 12 éves és 20 éves whiskyváltozatait, amelyek azóta világszerte népszerűek lettek a whiskyrajongók körében.